Le libertin Ciapelletto est le fil conducteur des quatre premières histoires. Après sa mort, c'est le peintre Giotto, interprété par Pasolini qui sert de fil rouge au film. Car, hormis le voyage du peintre, toutes les interventions de Giotto sont des ajouts de Pasolini aux histoires de Boccace comme l'avaient été le prologue et une courte scénette dans la première partie. D'après Jean Sémolué (Pasolini un cinéma de poésie, Etudes cinématographiques) les lettres indiquent les ajouts de Pasolini, les chiffres les récits d'après Boccace :

(A) L'homme au sac, première apparition de Ciappelletto tuant sauvagement un homme enfermé dans un sac, et jetant le sac dans un ravin, la nuit.
(1) Histoire d'Andreuccio (d'après l'histoire 5 de la deuxième journée : II, 5). Le jeune marchand est victime de la rouerie d'une femme. Il aide deux voleurs à piller la tombe d'un cardinal. Ceux-ci l'enferment avec le mort.
(B) Le conteur sur la place publique. Pendant le récit du vieil homme, Ciappelletto vole une bourse et la fait passer à un jeune garçon.
(2) Histoire du jardinier du couvent (III, 1). Un bûcheron, Musetto, se fait passer pour sourd et muet, pour se faire engager comme jardinier dans une communauté de religieuses. Sûres que le secret sera gardé, elles se donnent toutes à lui...
(3) Histoire de la jarre vendue (VII, 2) Dérangée par le retour inopportun de son mari, une femme infidèle, Peronella, lui fait nettoyer l'intérieur d'une énorme jarre de façon à lui dissimuler la présence de son amant.
(4) Histoire de Ciappelletto (I, 1) Le libertin, dont la vocation est de mentir, abuse dans la confession, jusqu'au seuil de la mort, un innocent moine qui s'empresse de le canoniser.. Le personnage fil directeur devient alors le peintre Giotto.
(5) Le voyage du peintre (VI, 5).
(C) Arrivée du peintre à Naples, échafaudages, premiers travaux.
(D) Le peintre au marché voit les personanges de l'histoire suivante.
(6) Histoire du rossignol de Caterina (V, 4). Deux jeunes gens, Caterina et Riccardo, qui s'aiment, parviennent à se retrouver la nuit sur le balcon de la belle et sont surpris à leur réveil, dans le plus simple appareil, par le père de celle-ci.
(E) Le réfectoire des moines, travail frénétique du peintre
(7) Histoire du pot de basilic (IV, 5). Un commis, Lorenzo, amant de la sœur de ses maîtres, est assassiné par eux. Sa maîtresse, Lisabetta, tranche la tête de son cadavre qu'elle cache dans un pot de basilique.
(F) le peintre au marché voit partir les personnages de l'histoire suivante.
(8) Histoire de la jument (peintre aperçu à la noce de la voisine, IX, 10) Un prêtre, Don Gianni, qui affirme, à un couple de paysans, pouvoir changer la femme en jument met en pratique sa "recette".
(9) Histoire de Tinguccio et Meuccio (VII, 10). Les deux jeunes viveurs ont peur du châtiment dans l'autre monde. Mais, Meuccio, mort d'épuisement sexuel, apparaît à son ami pour le rassurer sur l'Enfer. Celui-ci se précipite aussitôt chez sa maîtresse.
(G) Le rêve du peintre : Paradis et enfer
(9 bis) fin de l'histoire de Tinguccio et Meuccio
(H) le peintre a terminé les fresques dans l'église.

Le Décaméron constitue le premier volet d'un triptyque qu'achèveront Les Contes de Canterbury et Les Mille et une Nuits que Pasolini appelle sa "Trilogie de la vie", que l'on peut résumer comme un hymne à la vie, à la jeunesse, à l'amour. Pasolini y revendique "Le pastiche", le collage de "culture haute" et de "culture basse". "La culture haute" correspond à une adaptation très intellectualisée de quelques uns des grands cycles narratifs de l'histoire de la culture et "la culture basse" correspond à l'érotisme populaire.

Pasolini s'est inspiré de neuf contes du Décameron, recueil de 100 nouvelles, narrées tour à tour pendant 10 jours (signification du titre) par 7 femmes et 3 jeunes hommes bloqués aux portes de Florence ravagée par la peste en 1348. Pasolini les adapte en essayant de retrouver l'esprit d'une époque en familiarité avec la sexualité et la mort. Il les a tous déplacé de l'aristocratie Toscane à la populacière Campanie, en utilisant, outre certains de ses interprètes préférés, des gens du peuple de Naples.