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1886. Guérisseur respecté, Geronimo et ses compagnons Apaches acceptent à contrecœur de s'installer dans une réserve créée par le gouvernement américain conformément à la loi sur la déportation des Indiens. La tribu fait de son mieux pour s'assimiler, mais de nombreux Apaches peinent à abandonner leur mode de vie traditionnel, tandis que le gouvernement manque à sa promesse d'empêcher les colons américains d'empiéter sur les terres tribales.
Geronimo se tourne finalement vers la résistance armée lorsque des soldats de la cavalerie américaine, accompagnés du chasseur d'Indiens Al Sieber, massacrent un groupe d'Apaches après les avoir surpris à pratiquer secrètement leur foi « païenne ». Geronimo forme une milice hétéroclite qui humilie l'armée en échappant à la capture à maintes reprises grâce à des attaques de guérilla bien préparées. Le lieutenant Charles B. Gatewood, diplômé de West Point, est chargé de capturer Geronimo avec l'aide de Sieber et de Britton Davis, un cavalier ambitieux mais inexpérimenté.
Gatewood est tiraillé entre le respect qu'il éprouve à contrecœur pour Geronimo et son devoir envers son pays. Son supérieur, le général de brigade George Crook, admire Geronimo et méprise les agissements intéressés de son gouvernement. Geronimo finit par se rendre à Crook, mais parvient à s'échapper, ralliant cette fois plus de la moitié de la réserve à sa cause. Crook démissionne ensuite en disgrâce et est remplacé par Nelson A. Miles. Le nouveau commandant ordonne que les Apaches restants soient punis afin de dissuader les partisans de Geronimo. Il décide également de relever Gatewood et ses officiers du terrain et de les remplacer par des hommes qui lui sont fidèles.
Le général Miles, réalisant que malgré ses tactiques, il n'est pas plus près de capturer Geronimo, propose à Gatewood un marché : utiliser sa relation avec Geronimo pour retrouver le guerrier et le convaincre de se rendre. Il ordonne à Gatewood de proposer à Geronimo une peine de deux ans de prison en Floride, assortie de la promesse de terres neuves en Arizona et de deux mules pour chaque guerrier qui se rend. Gatewood rétorque à Miles qu'ils savent tous deux que le gouvernement n'a aucune intention d'honorer cet accord. Miles propose à Gatewood une centaine d'hommes à emmener sur le terrain, mais le jeune officier refuse et demande un éclaireur apache et trois hommes de son choix.
Gatewood, Sieber, Davis et l'Apache Chato partent à la recherche de Geronimo, mais découvrent un village de Yaquis massacrés. Gatewood charge Sieber et Chato de retrouver les chasseurs de scalps responsables. Ils s'arrêtent dans un saloon où les chasseurs négocient avec un Comanchero intéressé par l'achat des scalps. Lorsque les chasseurs tentent de prendre également le scalp de Chato, Gatewood arrive et tente de s'interposer, leur offrant de l'argent pour retourner au Texas. Les chasseurs se moquent de Gatewood, le traitant de lâche et d'amateur d'Indiens, et une fusillade éclate. Sieber est touché et mortellement blessé ; ses dernières paroles témoignent de sa surprise de mourir en tentant de sauver un Apache.
Gatewood, Davis et Chato poursuivent la traque de Geronimo et finissent par atteindre son camp. Geronimo demande à Gatewood si le jeune officier manquera à sa parole, comme ceux qui l'ont précédé. Gatewood décide d'être honnête et révèle à Geronimo le sort que Miles réserve aux Apaches survivants s'il continue le combat. Face à cette terrible réalité, Geronimo fait la paix avec Gatewood et se rend avec ses hommes au général Miles. Ce dernier fait alors en sorte que Gatewood, qu'il considère comme insubordonné et une honte pour l'armée, passe le reste de sa carrière dans un poste sans avenir, à la tête d'une garnison rurale du Wyoming.
L'humiliation suprême frappe Chato et les autres éclaireurs apaches, désarmés sous la menace des armes et jetés en prison. Davis, furieux de ce qu'il perçoit comme une trahison de toutes ses convictions, confronte Miles. Le général le congédie, le traitant d'idéaliste naïf et mettant même en doute son intégrité, insinuant que quiconque croit un « sauvage » plutôt qu'un Blanc n'est pas un véritable Américain. Davis décide de démissionner plutôt que de continuer à servir sous les ordres de Miles. Chato aborde Geronimo et lui dit qu'il a eu raison de combattre les Blancs. Geronimo conseille à ses derniers rebelles de ne pas se déchirer, car ils sont si peu nombreux. Il les avertit du danger qui les attend. Geronimo vivra encore vingt-deux ans, sans jamais pouvoir rentrer chez lui, contraint de subir l'humiliation d'être exhibé comme un trophée vivant de la conquête américaine, tandis que les Apaches sombrent dans la misère et la dépendance envers le gouvernement pour leur survie.
Le film retrace librement les événements qui ont conduit à la reddition de Geronimo en 1886. Hill exprima plus tard son mécontentement quant au titre : "On aurait dû l’appeler La Guerre de Geronimo… Il s’agit autant de l’armée que de Geronimo. Cette idée m’est venue après avoir lu des récits historiques et réalisé que beaucoup de nos idées reçues sur les campagnes indiennes sont erronées. L’armée est généralement dépeinte comme l’ennemie des Apaches, mais bien souvent, ceux qui étaient les plus sensibles à leur sort étaient ces mêmes soldats."