Le film est composé de cinq grandes scènes :

1) Montage parallèle entre Manon dans la montagne, et les villageois qui surveillent son arrestation. On y apprend qu'un nouvel instituteur vient d'arriver dans un village de Provence, dont le cabaretier, Phyloxène, a été élu maire parce qu'il a le téléphone chez lui. L'instituteur fait la connaissance des notables. Une étrange fille, Manon, vit seule dans la montagne avec sa mère, en gardant les chèvres. Le père de Manon, un bossu, avait autrefois découvert une source et irrigué un petit domaine. Mais la source s'est tarie, et le bossu mourut en laissant des dettes. Le clerc de notaire en retraite arrive et c'est l'occasion d'organiser le jeu de poil au... dont le vieil homme fait semblant d'être dupe avant de retourner la situation en sa faveur.

2) Arrestation et procès de Manon. Elle est accusée d'être le diable ou une sorcière, de coups et blessures et surtout de vol de récolte. Manon est acquittée, la salle est enfumée par l'appareil détraqué du notaire. S'intercalent deux courtes scènes : dans la première on apprend qu'une fête de la source va être organisée, dans la seconde la vieille piémontaise apprend à Manon le secret de la source du village.

3) Manon et l'instituteur se promènent dans la montagne

4) Ugolin déclare son amour à Manon. Il la quitte en le lui criant à nouveau du haut d'un rocher. S'intercale une courte scène de dîner avec l'ingénieur chez l'instituteur

5) La fête de la source se clôt par le tarissement de celle-ci. Manon s'est vengée ; la Piémontaise, elle aussi mise au ban de la communauté, lui a révélé le moyen de couper, à son tour, la source qui alimente le village. Les notables, siégeant en session extraordinaire, font comparaître les deux parties : Manon des sources, sûre de son bon droit, et celui qui a fait le malheur de sa famille, le fermier Ugolin, aujourd'hui fou de remords et de surcroît amoureux éperdu de la jeune fille. Repoussé dans ses avances, condamné par le tribunal populaire, il se pendra à la branche d'un figuier. La colère de Manon s'apaise. Elle rend au village l'eau nourricière et, ayant recouvré ses droits de propriété, épouse le bel instituteur. Manon danse avec l'instituteur.

Comédie reposant sur la précision et la finesse des dialogues. Les thèmes sont triviaux : cocu, infirme, étrangers mais l'à-propos des seconds rôle fait toujours mouche. Le charpentier, le maire, le boulanger, le gendarme, le boucher et le clerc sont des monstres de bêtise et d'égoïsme mais leur goût d'être ensemble annihile les forces centrifuges qui pourraient faire éclater la communauté. Au sein de cette pure comédie s'intercalent le passage romanesque de la promenade dans la montagne entre Manon et l'instituteur et celui, tragique entre Ugolin et Manon irréconciliés à jamais. Lorsque Pagnol réalisa Manon des sources, il s'inspira du deuxième volet de son diptyque littéraire, L'eau des collines, dont le premier, Jean de Florette, depuis longtemps en gestation, racontait toute l'histoire du père de Manon. L'ensemble fut publié postérieurement à cette réalisation. Le tournage eut lieu à La Treille, dans la région de Marseille, lieu favori de Pagnol, qu'on peut reconnaître à sa fontaine et à sa place centrale dans plusieurs de ses films.